Saint Germain est un haut fonctionnaire de l’Empire romain nommé évêque d’Auxerre en 418. Il fonde un oratoire dédié à saint Maurice sur une colline à proximité de l’enceinte gallo-romaine d’Auxerre dans lequel il est inhumé en 448.
A la fin du Ve siècle, la reine Clothilde (deuxième femme de Clovis) décide de construire sur le site une importante basilique placée sous le patronage de saint Germain. La présence d’un monastère y est attestée en 725. L’établissement prospère, les bâtiments monastiques sont édifiés et l’abbaye Saint-Germain, qui accueille jusqu’à 600 moines et près de 5 000 étudiants, devient un centre européen de rayonnement intellectuel majeur dans la période de la renaissance carolingienne.
Auxerre entre également au IXe siècle dans le giron des Guelfes, puissante famille originaire de Bavière dont l’un des représentants, Rodolphe Ier, devient roi de Bourgogne en 888 : cette famille favorise grandement le développement de l’abbaye de Cluny au cours du Xe siècle.
Ce Xe siècle est une période de décadence constatée pour Saint-Germain ; afin de rétablir l’ordre, le duc de Bourgogne Henri fait appel à l’abbé de Cluny Mayeul, qui vient en personne restaurer la discipline et le respect de la règle. La nouvelle période qui s’ouvre permet aux bâtiments d’être reconstruits et agrandis au XIIe s.
Les relations avec l’abbaye de Cluny sont néanmoins tendues. En 1154, une bulle pontificale d’Anastase IV confirme l’évêque d’Auxerre dans ses droits sur Saint-Germain, au détriment de l’abbé de Cluny. Les moines d’Auxerre s’associent avec ceux de Saint-Martin d’Autun en 1256 pour obtenir leur indépendance de l’abbaye de Cluny.
A partir de 1277, l’abbatiale est transformée dans le style gothique rayonnant, sous l’impulsion de l’abbé Jean de Joceval avec le soutien du Pape Urbain V, ancien abbé de Saint-Germain.
Le régime de la commende mis en place en 1540 entraîne une nouvelle période de décadence, amplifiée par les vandalisations des guerres de Religion. L’abbaye est réformée par les moines de la congrégation de Saint-Maur en 1629 et devient bien national durant la Révolution : ses bâtiments accueillent successivement un collège militaire et un hôpital avant d’être partiellement détruits.
La ville achète l’abbaye en 1968 ; elle est classée au titre des Monuments historiques en 1971 et a depuis fait l’objet de plusieurs campagnes de restauration majeures.
Aujourd’hui, l’abbaye Saint-Germain présente un remarquable ensemble architectural mêlant constructions carolingiennes, comme les cryptes du IXe s. et leurs fresques, romanes (tour Saint-jean, salle capitulaire et ancienne sacristie du XIIe s.), gothiques (cellier et église haute du XIVe s.) ou classiques (scriptorium, dortoirs, ancien réfectoire et logis de l’abbé du XVIIIe s.).
Le site est également un centre culturel qui accueille le Musée d’Art et d’Histoire ainsi qu’une Cité de la Parole et du Son.